Março de 1865. Nos Estados Unidos, durante a Guerra Civil, cinco temerários-nortistas fogem de um balão dos sulistas de Richmond. Uma tempestade terrível lança quatro deles na costa de uma ilha desabitada no Hemisfério Sul. O quinto homem e seu cachorro estão escondidos no mar ao largo da costa. Este quinto - um certo Cyres Smith, um talentoso engenheiro e cientista, a alma e líder de um grupo de viajantes - inconscientemente mantém seus companheiros em tensão por vários dias, que não conseguem encontrar em lugar algum ele ou o cachorro Top dedicado a ele. O ex-escravo sofre acima de tudo, e o servo agora leal de Smith é o Negro Nab. No balão também estavam um jornalista de guerra e o amigo de Smith, Gideon Spilet, uma pessoa muito enérgica e decisiva, com uma mente fervilhante; o marinheiro Pencrof, um temerário bem-humorado e aventureiro; Harbert Brown, de quinze anos, filho do capitão do navio em que Pencroff navegou, permaneceu órfão e a quem o marinheiro trata como seu próprio filho. Depois de uma pesquisa cansativa, Nab finalmente encontra seu anfitrião inexplicavelmente salvo, a uma milha da costa. Cada um dos novos colonos da ilha tem talentos insubstituíveis e, sob a liderança de Cyres e Spilet, essas pessoas corajosas se reúnem e se tornam uma equipe unida. Primeiro, usando os meios mais simples disponíveis e, em seguida, produzindo objetos cada vez mais complexos de trabalho e bens domésticos em suas próprias pequenas fábricas, os colonos equipam suas vidas. Eles caçam, colecionam plantas comestíveis, ostras e até criam animais domésticos e se envolvem na agricultura. Eles arranjam moradias para si no alto de uma rocha em uma caverna livre da água. Logo, graças à sua diligência e inteligência, os colonos não sabem mais a necessidade de comida, roupas, calor e conforto. Eles têm tudo, exceto notícias de sua terra natal, cujo destino está muito preocupado.
Certa vez, retornando à sua habitação, chamada por eles de Palácio de Granito, eles vêem que os macacos estão mandando para dentro. Depois de algum tempo, como se estivesse sob a influência de um medo insano, os macacos começam a pular para fora das janelas e a mão de alguém joga a escada de corda que os macacos levantaram em casa. Lá dentro, as pessoas encontram outro macaco - um orangotango, que eles guardam e chamam de tio Jupe. No futuro, Jupe se tornará amigo, servo e ajudante indispensável às pessoas.
Em outro dia, os colonos encontram na areia uma caixa com ferramentas, armas de fogo, vários aparelhos, roupas, utensílios de cozinha e livros em inglês. Os colonos se perguntam de onde essa caixa pode vir. No mapa, que também apareceu em uma caixa, eles descobrem que ao lado de sua ilha, no mapa não marcado, é a ilha de Tabor. O marinheiro Pencrof está ansioso para ir até ele. Com a ajuda de seus amigos, ele constrói um bot. Quando o bot está pronto, todos juntos o fazem para uma viagem de teste pela ilha. Durante o encontro, eles encontram uma garrafa com um bilhete dizendo que o naufragado aguarda a salvação na ilha de Tabor. Este evento reforça a confiança de Pencroff em visitar uma ilha vizinha. Pencrof, o jornalista Gideon Spilet e Harbert zarparam. Chegando a Tabor, eles descobrem uma pequena cabana onde, segundo todas as indicações, ninguém vive há muito tempo. Eles se espalham pela ilha, sem esperança de ver uma pessoa viva, e tentam encontrar pelo menos seus restos mortais. De repente, ouvem Harbert gritar e se apressar em seu auxílio. Eles vêem Harbert lutando com algum tipo de criatura crescida por macacos. No entanto, o macaco acaba por ser um homem selvagem. Os viajantes o prendem e o transportam para sua ilha. Eles lhe dão uma sala separada no palácio de granito. Graças à atenção e preocupação deles, o selvagem logo se transforma em um homem civilizado e conta a história deles. Acontece que seu nome é Ayrton, ele é um ex-criminoso, ele queria tomar posse do navio à vela de Duncan e com a ajuda dos mesmos resíduos da sociedade em que ele se transformou em um navio pirata. No entanto, seus planos não estavam destinados a se tornar realidade e, como punição, doze anos atrás, ele foi deixado na ilha desabitada de Tabor, para que ele realizasse sua ação e expiasse seus pecados. No entanto, o proprietário do "Duncan" Eduard Glenarvan disse que um dia ele retornaria para Ayrton. Os colonos vêem que Ayrton se arrepende sinceramente de seus pecados passados, e ele tenta ser útil para eles de todas as maneiras. Portanto, eles não estão inclinados a julgá-lo por má conduta passada e a aceitá-lo de bom grado em sua sociedade. No entanto, Ayrton precisa de tempo e, portanto, pede uma oportunidade de viver no coral que os colonos construíram para seus animais domesticados a alguma distância do Palácio de Granito.
Quando o bot retornou à tempestade da ilha de Tabor à noite, foi salvo por uma fogueira que, como eles pensavam, aqueles que navegavam nele, acendia seus amigos. No entanto, verifica-se que eles não estavam envolvidos nisso. Acontece também que Ayrton não jogou uma garrafa de nota no mar. Os colonos não podem explicar esses eventos misteriosos. Eles estão cada vez mais inclinados à idéia de que, além deles, na ilha de Lincoln, quando o batizaram, há mais alguém, seu misterioso benfeitor, que muitas vezes ajuda em situações mais difíceis. Eles até embarcam em uma expedição de busca na esperança de localizar seu local de residência. No entanto, a pesquisa termina sem sucesso.
No próximo verão (desde que Ayrton apareceu em sua ilha, e antes de contar sua história, cinco meses já se passaram e o verão acabou, e é perigoso navegar na estação fria), eles decidem voltar para Ilhas Tabor para deixar uma nota na cabana. Na nota, eles pretendem avisar o capitão Glenarvan se ele retornar que Ayrton e outras cinco vítimas naufragadas estão esperando por ajuda em uma ilha vizinha.
Os colonos vivem em sua ilha há três anos. Sua vida, sua economia alcançou prosperidade. Eles já estão colhendo ricas colheitas de trigo cultivadas a partir de um único grão, encontrado no bolso de Harbert há três anos, construíram um moinho, criaram aves, equiparam completamente sua habitação, fizeram novas roupas e cobertores quentes de lã de muflão. No entanto, sua vida pacífica é ofuscada por um incidente que os ameaça de morte. Uma vez, olhando para o mar, eles vêem um navio bem equipado à distância, mas uma bandeira negra voa acima do navio. O navio ancora na costa. Mostra belas armas de longo alcance. Ayrton entra furtivamente no navio sob a cobertura da noite para realizar o reconhecimento. Acontece que existem cinquenta piratas no navio. Deslizando milagrosamente para longe deles, Ayrton retorna à costa e informa seus amigos que eles precisam se preparar para a batalha. Na manhã seguinte, dois barcos descem do navio. No primeiro, os colonos matam três, e ela volta, o segundo pousa na praia e os seis piratas restantes escondidos na floresta. Os canhões são queimados do navio e chegam ainda mais perto da costa. Parece que nada tem o poder de salvar um punhado de colonos. De repente, uma onda enorme surge sob o navio e afunda. Todos os piratas morrem. Como se vê depois, o navio foi explodido por uma mina e esse evento finalmente convence os habitantes da ilha de que não estão sozinhos aqui.
A princípio, eles não vão exterminar os piratas, querendo dar a eles a oportunidade de levar uma vida pacífica. Mas acontece que os ladrões não são capazes disso. Eles começam a roubar e queimar as casas dos colonos. Ayrton vai ao coral para visitar os animais. Piratas o agarram e o levam para uma caverna, onde eles querem torturá-lo para obter consentimento para ir para o lado deles. Ayrton não desiste. Seus amigos vão em seu auxílio, mas são gravemente feridos no coral de Harbert, e seus amigos permanecem nele, incapazes de voltar com o jovem que estava morrendo. Depois de alguns dias, eles ainda partem para o Palácio de Granito. Como resultado da transição, Harbert começa uma febre maligna, ele está morto. Mais uma vez, a providência intervém em suas vidas e a mão de seu bom e misterioso amigo lhes lança o remédio necessário. Harbert está em plena recuperação. Os colonos pretendem dar o golpe final aos piratas. Eles vão para o coral, onde pretendem encontrá-los, mas encontram Ayrton, que está exausto e mal vivo, e nas proximidades, os cadáveres de ladrões. Ayrton relata que ele não sabe como foi parar no coral, que o trouxe da caverna e matou os piratas. No entanto, ele relata uma notícia triste. Há uma semana, os bandidos foram para o mar, mas, não sabendo como controlar o bot, quebraram-no nos recifes costeiros. A viagem a Tabor deve ser adiada até a construção de um novo veículo. Nos sete meses seguintes, o misterioso estranho não se faz sentir. Enquanto isso, um vulcão acorda na ilha, que os colonos pensavam que já estava morto. Eles estão construindo um novo navio de grande porte que, se necessário, poderia entregá-los a terras habitadas.
Uma noite, já se preparando para ir para a cama, os habitantes do Palácio de Granito ouvem um sino. O telégrafo que eles passaram do coral para sua casa está funcionando. Eles são chamados urgentemente para o coral. Lá, eles encontram uma nota pedindo para eles seguirem o fio extra. O cabo os leva a uma enorme gruta onde, para sua surpresa, eles vêem um submarino. Nele, eles se encontram com seu mestre e seu patrono, capitão Nemo, o príncipe indiano Dakkar, que luta pela independência de sua terra natal por toda a vida. Ele, um homem de sessenta anos que enterrou todos os seus companheiros, está quase morto. Nemo dá a novos amigos um caixão de jóias e avisa que quando o vulcão entrar em erupção, a ilha (como é sua estrutura) explodirá. Ele morre, os colonos levantam as escotilhas do barco e abaixam-no debaixo d'água, e constroem o novo navio incansavelmente o dia inteiro. No entanto, eles não têm tempo para terminá-lo. Toda a vida perece durante a explosão da ilha, da qual resta apenas um pequeno recife no oceano. Os colonos, que passaram a noite em uma barraca na praia, são lançados ao mar por uma onda de ar. Todos eles, com exceção de Jupe, permanecem vivos. Por mais de dez dias, eles estavam sentados no recife, quase morrendo de fome e não esperando mais nada. De repente, eles vêem um navio. Este é Duncan. Ele salva todos. Como se vê depois, o capitão Nemo, enquanto o bot ainda estava intacto, flutuou sobre ele para Tabor e deixou uma nota para os socorristas.
Voltando à América para as jóias doadas pelo capitão Nemo, os amigos compram um grande pedaço de terra e vivem nele da mesma maneira que viviam na Ilha Lincoln.
